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张静律师解答：诉讼中法院会向行政机关发函询问两个宅基地证的真实性，如能查明就可以处理。如不能查明，则法院可能会以权属人不清楚为由裁定驳回起诉，不进行实体处理。如下面这个案件，一栋宅基地房有两个宅基地证，不同的权属人。法院发函后仍不能确定那个证是真实有效的，于是以权属存在争议，需先经行政部门处理为由驳回了原告的起诉。
判决书节选：
本院认为，根据本案双方当事人提交的证据，针对涉案土华村××号宅基地房屋，高某提交了其为使用人的某号宅基地使用证存根（发证日期96年7月25日），而徐某则持有其为使用人的某号宅基地使用证原件（发证日期97年3月20日），发证机关广州市海珠区新滘镇人民政府。经本院向相关行政部门发函核实，规划部门存有高某的某号宅基地使用证档案材料，但对于徐某持有的某号宅基地使用证原件，规划部门没有否认其真实性；原发证机关广州市海珠区新滘镇人民政府被撤销后的承继者广州市海珠区华洲街道办事处因有关的宅基地证档案材料没有移交给该街道办，故无法提供相关档案材料予以核实。此外，据双方陈述，涉案房屋现状为五层半，这与徐某持有的宅基地证的证载情况吻合。故就本案现有证据而言，无法排除徐某所持宅基地使用证的证明力。鉴于涉案宅基地房屋目前存在权属争议，该争议不属于民事诉讼的审理范围，应由相关行政机关予以处理。因此，对本案高某的起诉应予以驳回，当事人可待相关行政机关对权属争议处理后再行主张权利。综上所述，裁定驳回高某的起诉。
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